Poco a poco, Clonmacnoise se convirtió en un importante centro religioso, comercial y cultural. Al estar enterrado San Kieran en este lugar, Clonmacnoise se convirtió en centro de peregrinación para las poblaciones de Irlanda, que cumplen con el ritual de venir a este lugar cada 9 de setiembre.
El conjunto de edificaciones: sieteiglesias de los siglos X al XVII, una torre circular, un castillo... se asemejaba más a una ciudad que a un monasterio. Los edificios residenciales y las primeras iglesias, de madera, han desaparecido del paisaje actual.
Clonmacnoise fue atacado y saqueado en muchas ocasiones por vikingos y anglo-normandos. En 1552, los ingleses atacaron desde la cercana ciudad de Atholon y lo destrozaron completamente.
La visita comienza por el museo que alberga las tres cruces celtas originales que han sido sustituidas por réplicas en el exterior son: la Cruz de las Escrituras, la Cruz Sur y la Cruz Norte.
Clonmacnoise tiene un gran número de lápidas que datan de los siglos que van del VII al XII, ya que aquí se daba enterramiento a los Reyed de Connaught y Tara.
El conjunto se compone, en la actualidad, de los restos de el Templo de Dowling, la Iglesia de McLaffey, el Templo de Melaghin y el pequeño Templo de Ciarán, más la Catedral.
La Catedral, el mayor de los edificios, fue construido en el año 909 por Flann Sinna, Rey de Tara y, por Colmán, abad de Clonmacnoise. La puerta de la cara norte es muy bonita, y tiene un estilo próximo al gótico. Los tres santos que presiden la puerta son: Sto. Domingo, S. Patricio y S. Francisco. Esta puerta es conocida como la Whispering Door o Puerta de los Susurros.
El Templo de Finghin, de estilo románico, junto al río Shannon, posee una torre circular con campanario que data del siglo XII.
Al oeste del monasterio se alzan los restos de la fortaleza construida por el gobernador de Irlanda en 1214. La destrucción del castillo se produjo alrededor de 1300.
